Il 17.12.2002 la FIFA bandì i club azeri dal prendere parte alle competizioni internazionali a causa dell'instabile situazione nel calcio dell'Azerbaigian : il termine dell'esclusione doveva essere deciso dalla AFFA, essendo il solo presidente Fuad Musayev, nemico mortale della maggior parte dei club azeri, ad avere il diritto di decidere quando la situazione fosse stabile e l'esclusione potesse essere superata.  

Il 19.12.2002 nove club (Neftçi Baki, Şämkir, Qarabağ Ağdam, MOİK Baki, Dinamo Baki, Khäzär Universiteti Baki, Khäzär Sumqayit, Käpäz Gäncä e Turan Tovuz) decisero di intentare un processo contro la AFFA, insistendo sulla liquidazione della stessa come un'organizzazione illegale che era stata di ostacolo allo sviluppo del calcio azero per diversi anni.  I club annunciarono anche che avrebbero rinunciato alla loro azione se i membri della AFFA avessero votato la non fiducia al presidente  Musayev.

Il 24.12.2002 Fuad Musayev sostenne che avendo la propria autorità prolungata dalla FIFA, nessuna elezione del presidente della AFFA era possibile finché il campionato non fosse ripreso : finalmente il 25.12.2002 il comitato esecutivo della AFFA stabilì di cominciare il 12° campionato azero il 1° marzo 2003.

Il 13.01.2003 sei federazioni regionali e undici club intrapresero un'azione legale contro la AFFA, chiedendone lo scioglimento e la creazione di una nuova associazione.   Il 22.01.2003 un'altra azione legale contro la AFFA venne avanzata da Zaur Tagiyev, che nel 1994 aveva cercato illegalmente di creare una Lega Calcio Professionistica sotto la cui egida far svolgere il campionato.   Egli sostenne che la AFFA fosse incostituzionale perchè non composta da federazioni regionali come stabilito nel suo statuto, e chiese anche il ripristino della lega professionistica.

Il 05.02.2003 il Qarabağ-Azärsun, il Neftçi e la Dinamo non lasciarono i propri giocatori liberi per l'incontro della nazionale azera contro la Serbia-Montenegro : la AFFA squalificò i sette giocatori per cinque partite e li bandì dalla nazionale, mentre i tre club vennero multati.

Il 24.02.2003 il Ministero delle Finanze iniziò a procedere contro la AFFA denunciando una grande evasione fiscale (500 mila dollari), mentre la AFFA era d'accordo a pagare solamente 100 mila dollari.   Le proprietà della AFFA e lo stadio Şäfa vennero sequestrate, mentre l'appartamento del Direttore Generale dell'AFFA Oktay Zeynalov venne perquisito : Il Presidente Musayev annunciava che la funzionalità dell'AFFA era compromessa e che la nazionale non avrebbe potuto partire per il Galles a causa della confisca dei documenti.   Il Ministero stabilì che tutti i documenti necessari alla trasferta sarebbero stati forniti.

Il 04.03.2003 i rappresentanti di undici club (Neftçi Baki, Şämkir, Qarabağ Ağdam, MOİK Baki, Dinamo Baki, Khäzär Universiteti Baki, Khäzär Sumqayit, Käpäz Gäncä, Turan Tovuz, Şahdağ Qusar, Ümid Baki) decisero di ricominciare le competizioni sotto la AFFA, chiedendo di dare al loro comitato organizzatore una possibilità di controllo.   L'assemblea annunciò che il campionato sarebbe iniziato il 22 marzo, col nulla osta della AFFA.

Il 19.03.2003 il Ministero della Giustizia avviò un procedimento contro la AFFA dichiarando che essa violava le leggi dello stato e gli statuti delle federazioni internazionali, precisando che l'AFFA era da considera illegale dal maggio 2002 quando avrebbe dovuto svolgersi l'elezione di un nuovo presidente.   La reazione dell'AFFA fu che il Ministero aveva apparentemente abusato della propria autorità.

Il 24.03.2003 l'assemblea degli oppositori dell'AFFA decise di inviare una lettera da AFFA, UEFA e FIFA spiegando che era stato deciso di riprendere il campionato il 4 marzo ma che l'AFFA aveva opposto resistenza.   L'AFFA aveva emesso una lista di 14 richieste per la ripresa del campionato, molte delle quali erano impossibili da adempiere (per esempio, la tassa di partecipazione di 7.340 dollari era troppo alta).   I club proposero i loro quattro punti : a) l'AFFA e i club avrebbero dovuto incontrarsi per accordarsi sul campionato ; b) l'AFFA avrebbe dovuto cancellare le proprie richieste ; c) l'AFFA avrebbe dovuto ridurre la tassa d'iscrizione ; d) i termini del campionato avrebbero dovuto essere definiti.

Il 01.04.2003 Oktay Zeynalov, che era anche il tesoriere generale della AFFA, venne arrestato e ammise che Fuad Musayev e Asef Cavadli (presidente della Commissione di Audizione e Controllo della AFFA) erano implicati in pratiche finanziarie abusive all'interno della federazione.   Il Ministro delle Finanze Fazil Mämmädov riferì che il signor Zeynalov avrebbe potuto evitare l'incarcerazione se l'AFFA avesse pagato la cauzione di 265.000 dollari.

Il 04.04.2003 Blatter e Johansson (presidenti della FIFA e della UEFA) annunciarono la loro intenzione di visitare l'Azerbaigian il 6 maggio ed incontrare il presidente della nazione per fare un ultimo tentativo di sistemare la situazione.

Il 07.04.2003 i membri del Comitato Esecutivo dell'AFFA costrinsero Fuad Musayev a convocare immediatamente un incontro straordinario del comitato stesso, apparentemente per esercitare il loro potere maggiormente e chiedere le dimissioni di Musayev, obbligatorie se votate da 14 dei 21 membri.    I membri furono costretti a svolgere il loro incontro fuori della AFFA dato che Musayev aveva ordinato di tenerli fuori dalla sede : l'assemblea adottò un'altra storica risoluzione, iniziare il campionato il 20 aprile e convocare una conferenza elettiva il 30 aprile.

Il 08.04.2003 Fuad Musayev dichiarò nulla la risoluzione del Comitato Esecutivo considerando che il quorum non era stato raggiunto (11 voti invece del minimo di 14) e che il presidente non era presente.   Egli riferì anche che tutti i tentativi della AFFA di iniziare il campionato venivano bloccati dai club, così che l'AFFA non poteva fare niente al momento.

Il 09.04.2003, in accordo con la risoluzione del Comitato Esecutivo, i rappresentanti di Neftçi Baki, Şahdağ Qusar, Dinamo Baki e Ümid Baki si recarono presso la AFFA per dimostrare la loro volontà di iniziare il campionato, ma non furono accettati.   Più tardi, nella stessa giornata, Musayev sollevò Fatulla Hüseynov e Togrul Gaciyev (organizzatori dell'incontro del CE) dai loro incarichi di vice-presidente, violando così lo statuto della AFFA, secondo il quale i vice-presidenti possono essere dimessi solamente dalla Conferenza dell'AFFA).

Il 14.04.2003 i rappresentanti dei club e l'AFFA raggiunsero un accordo lungamente atteso fondato sulle seguenti decisioni comuni : a) il campionato inizierà il 25 aprile ; b) sarà a 4 turni a girone se le squadre partecipanti saranno otto o meno, di 2 turni a girone in caso di più partecipanti ; c) gli incontri della Coppa saranno di andata e ritorno esclusa la finale ; d) le rose delle squadre comprenderanno almeno 22 giocatori ; e) ogni club pagherà una tassa d'iscrizione di 5.000 dollari più 200 per ciascun giocatore ; f) tutte le multe precedenti vengono cancellate.

Il 15.04.2003 è un giorno shock per il calcio azero : la AFFA viene squalificata dalla FIFA.   Apparentemente, Musayev non essendo soddisfatto della decisione comune aveva inviato una lettera alla FIFA dov'era descritta la situazione come d'emergenza, e la sanzione era arrivata senza alcuna investigazione sul nuovo accordo raggiunto.   Una decisione molto strana, specialmente alla luce dell'intenzione di Blatter di visitare l'Azerbaigian, comunicata il 4 aprile.   Il 16.04.2003 anche l'UEFA squalificò la AFFA.

Il 18.04.2003 i membri del Comitato Esecutivo pubblicarono una lettera diretta a Fuad Musayev, nella quale gli chiedevano gentilmente di dimenticare tutte le offese personali, di convocare un incontro, di avviare il dialogo e di fare ogni sforzo per trovare una via d'uscita di questa crisi.

Il 21.04.2003 tredici membri del Comitato Esecutivo si appellarono al presidente della FIFA Blatter , a quello dell'UEFA Johansson e al presidente della federazione russa Koloskov per sostenere che alle loro organizzazioni erano state fornite notizie non reali.   Venne descritta l'intera situazione, con un allegato che dimostrava, tra l'altro, tutti i rifiuti e gli attendismi di Musayev.

Il 22.04.2003 cinque club (Neftçi Baki, Şämkir, Qarabağ Ağdam, MOİK Baki Turan Tovuz) riferino di essere pronti ad iniziare il campionato, mentre altri tre club (Dinamo Baki, Khäzär Sumqayit eKäpäz Gäncä) annunciarono che le loro rose sarebbero state pronte entro pochi giorni : la data limite di presentazione delle rose venne posticipata.   Musayev rispose di avere intenzione di convocare al più presto un incontro del Comitato Esecutivo, e si dichiarò intenzionato a presentare le seguenti condizioni per il suo volontario ritiro : a) il rilascio di Oktay Zeynalov ; b) l'assegnazione a lui della proprietà dello Şäfa ; c)  l'assegnazione a lui di un ordine commemorativo ; d) la dichiarazione per lui quale presidente onorario dell'AFFA.

Il 26.04.2003, stanco di attendere la risposta di Musayev, il Comitato Esecutivo fissò la data per l'incontro al 29 aprile presso la sede della AFFA, chiedendo al Segretario Generale Cingiz Isamyilov di non chiudere le porte quel giorno ed al presidente Musayev di presiedere l'incontro.

Il 12.05.2003 si tenne l'incontro presso la sede dell'AFFA, con la partecipazione dei rappresentanti dei club, presieduta dal Segretario Generale Cingiz Isamyilov.   Durante l'incontro vennero prese decisioni cruciali circa il miglioramento dell'accordo di Zurigo : la principale decisione fu che finalmente il campionato sarebbe partito il 17 maggio, con sorteggio stabilito per il 14 maggio ma poi posticipato al giorno 15.   Inoltre i club dovranno pagare inizialmente solo 5 milioni di manat complessivamente, con gli altri 17 milioni da pagare alla fine della prima metà della stagione.   Per quanto riguarda il FK Şäfa l'accordo stabilì che lo stadio sarebbe stato separato dal club e che il club stesso avrebbe dovuto pagare la tassa d'iscrizione come club indipendente.   Il successivo incontro del Comitato Esecutivo dell'AFFA avvenne il 13 maggio e Musayev finalmente fu d'accordo a presiederlo.

Il lungo conflitto era così terminato ed il 17 maggio il campionato 2003/04 ebbe il suo regolare inizio.